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　　(三十五)中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院專家系列學(xué)術(shù)報告(9月29日)

　　時間：2018年9月29日下午2：00

　　地點：生科樓E2004

　　報告一題目：再生生物學(xué)前沿進展

　　徐麟 2014年基金委“優(yōu)青”

　　個人簡歷：

　　1998-2002 上海交通大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院 學(xué)士

　　2002-2005 上海交通大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院 碩士

　　2005-2008 法國斯特拉斯堡第一大學(xué) 博士

　　2008-2013 中科院上海植物生理生態(tài)研究所 副研究員

　　2013-至今 中科院上海植物生理生態(tài)研究所 研究員

　　主要研究工作內(nèi)容： 植物干細(xì)胞與再生

　　再生能力是植物在嚴(yán)酷的自然環(huán)境下能夠保持長久生命力的重要原因之一，也被人們廣泛運用于農(nóng)業(yè)實踐中。近年來利用模式植物的研究發(fā)現(xiàn)，很多植物的再生過程，其本質(zhì)是干細(xì)胞的命運轉(zhuǎn)變，其基礎(chǔ)是干細(xì)胞的全能性與可塑性。因此，解析植物再生過程本質(zhì)，需從了解干細(xì)胞的屬性開始。對植物干細(xì)胞的認(rèn)識，是人為操控植物再生與器官形態(tài)發(fā)生的關(guān)鍵，也是將分子手段應(yīng)用于現(xiàn)代農(nóng)業(yè)再生技術(shù)的基礎(chǔ)。目前我們的研究集中在三個方面：(1)再生過程中的干細(xì)胞命運轉(zhuǎn)變;(2)再生的傷口信號;(3)干細(xì)胞與再生能力的演化歷程。

　　代表成果

　　1. Liu W., Xu L.* (2018) Recruitment of IC-WOX genes in root evolution. Trends Plant Sci. 23(6): 490-496

　　2. Xu L.* (2018) De novo root regeneration from leaf explants: wounding, auxin, and cell fate transition. Curr. Opin. Plant Biol. 41:39-45 [Invited review]

　　3. Sheng L.#, Hu X.#, Du Y., Zhang G., Huang H., Scheres B., Xu L.* (2017) Non-canonical WOX11-mediated root branching contributes to plasticity in Arabidopsis root system architecture. Development 144(17): 3134-3144

　　4. Hu X., Xu L.* (2016) Transcription factors WOX11/12 directly activate WOX5/7 to promote root primordia initiation and organogenesis. Plant Physiol. 172(4):2363-2373

　　5. Chen X., Cheng J., Chen L., Zhang G., Huang H., Zhang, Y., Xu L.* (2016) Auxin-independent NAC pathway acts in response to explant-specific wounding and promotes root tip emergence during de novo root organogenesis in Arabidopsis. Plant Physiol. 170(4):2136-2145

　　6. Liu J.#, Sheng L.#, Xu Y.#, Li J., Yang Z., Huang H. and Xu L.* (2014) WOX11 and 12 are involved the first-step cell fate transition during de novo root organogenesis in Arabidopsis. Plant Cell. 26(3):1081-1093

　　7. He C., Chen X., Huang H. and Xu L.* (2012) Reprogramming of H3K27me3 is critical for acquisition of pluripotency from cultured Arabidopsis tissues. PLoS Genet. 8(8): e1002911.

　　報告二題目：轉(zhuǎn)錄以及轉(zhuǎn)錄調(diào)控

　　張余 2016年中組部“青千”

　　2018年基金委“優(yōu)青”

　　個人簡歷：

　　2000-2004 復(fù)旦大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院 學(xué)士

　　2004-2009 中科院上海藥物研究所 博士

　　2009-2015 美國Rutgers University 博士后

　　2015-至今 中科院上海植物生理生態(tài)研究所 研究員

　　研究方向：主要研究工作內(nèi)容： 轉(zhuǎn)錄以及轉(zhuǎn)錄調(diào)控的分子機制

　　基因組中的遺傳信息得以表達(dá)，需要RNA聚合酶進行轉(zhuǎn)錄。以DNA為模板合成RNA的轉(zhuǎn)錄過程不僅是基因表達(dá)第一步，還是基因表達(dá)的主要調(diào)控步驟。因此對RNA聚合酶分子機器結(jié)構(gòu)、運行機理以及調(diào)控機制的研究能夠回答基因表達(dá)精密調(diào)控的基礎(chǔ)生物學(xué)問題。同時細(xì)菌之間RNA聚合酶非常保守，而細(xì)菌與人RNA聚合酶保守性較差，因此細(xì)菌RNA聚合酶是抗細(xì)菌藥物的優(yōu)良靶點。

　　本課題組圍繞單亞基和多亞基的RNAP 分子機器為中心，探索轉(zhuǎn)錄的調(diào)控機制，同時以細(xì)菌的RNA聚合酶為靶點，開發(fā)新型的抗生素，本課題組結(jié)合生物化學(xué)、結(jié)構(gòu)生物學(xué)以及微生物學(xué)等手段研究以下幾方面內(nèi)容：

　　1. RNA聚合酶轉(zhuǎn)錄起始、延伸以及終止過程分子機制;

　　2. RNA聚合酶轉(zhuǎn)錄起始、延伸以及終止過程的調(diào)控機制;

　　3. 以細(xì)菌RNA聚合酶為靶點的新型抗生素發(fā)現(xiàn);

　　代表成果:

　　1、Xiaoxian Wu#, Diane L. Haakonsen#, Allen G. Sanderlin, Yue J, Liu, Liqiang Shen, Ningning Zhuang, Michael T. Laub*, Yu Zhang*. Structural insights into the unique mechanism of transcription activation by Caulobacter crescentus GcrA. Nucleic Acids Research 2018. 46 (6): 3245-3256.

　　2、Xiaobiao Han#, Liqiang Shen#, Qijun Wang, Xufeng Cen, Jin Wang, Meng Wu, Peng Li, Wei Zhao*, Yu Zhang*, and Guoping Zhao*. Cyclic AMP inhibits the activity and promotes the acetylation of acetyl-CoA synthetase through competitive binding to the ATP/AMP pocket. Journal of Biological Chemistry 2017 292: 1374-1384.

　　3、Sonia I. Maffioli#, Yu Zhang#, David Degen#, Thomas Carzaniga, Giancarlo Del Gatto, Stefania Serina, Paolo Monciardini, Carlo Mazzetti, Paola Guglierame, Gianpaolo Candiani, Alina Iulia Chiriac, Giuseppe Facchetti, Petra Kaltofen, Hans-Georg Sahl, Gianni Dehò, Stefano Donadio*, and Richard H. Ebright*. Antibacterial nucleoside-analog inhibitor of bacterial RNA polymerase: pseudouridimycin. Cell 2017, 15;169(7):1240-1248.e23

　　4、Jeremy G. Bird#, Yu Zhang#, Yuan Tian, Natalya Panova, Ivan Barvík, Landon Greene, Min Liu, Brian Buckley, Libor Krásny, Jeehiun K. Lee, Craig D. Kaplan, Richard H. Ebright*, Bryce E. Nickels*. The mechanism of RNA 5" capping with NAD+, NADH, and desphospho-CoA. Nature 2016, 535(7612): 444-447.

　　5、Jared T Winkelman#, Irina O Vvedenskaya#, Yuanchao Zhang#, Yu Zhang#, Jeremy G Bird, Deanne M Taylor, Richard L Gourse, Richard H Ebright*, Bryce E Nickels*. Multiplexed protein-DNA cross-linking: Scrunching in transcription start site selection. Science 2016, 351(6277):1090-1093

　　6、Yu Zhang#, David Degen#, Mary X Ho#, Elena Sineva, Katherine Y Ebright, Yon W Ebright, Vladimir Mekler, Hanif Vahedian-Movahed, Yu Feng, Ruiheng Yin, Steve Tuske, Herbert Irschik, Rolf Jansen, Sonia Maffioli, Stefano Donadio, Eddy Arnold, Richard H Ebright*. GE23077 binds to the RNA polymerase “I” and “I+1” sites and prevents the binding of initiating nucleotides. Elife 2014, 3, e02450

　　7、Yu Zhang, Yu Feng, Sujoy Chatterjee, Steve Tuske, Mary X Ho, Eddy Arnold, Richard H Ebright*. Structural basis of transcription initiation. Science 2012, 338 (6110), 1076-1080

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